生物圏保護区（せいぶつけんほごく）は、ユネスコの「人間と生物圏計画」(Programme on Man and the Biosphere ; MAB計画) に基づいて成立した国際的な指定保護区の名称。生物圏保存地域（せいぶつけんほぞんちいき）とも呼ぶ。「生物圏保護区世界ネットワーク」(World Network of Biosphere Reserves) には、2008年5月現在で105か国531保護区が登録されている。
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1970年に開始された「人間と生物圏計画」は、14の研究分野を対象としている。その中の一つが「自然地域とそこに存在する遺伝物質の保護研究」である。その実現のため「生物圏保護区世界ネットワーク」と「生物保護区」を構築することが、1974年に提示された。
「生物圏保護区世界ネットワークの法的枠組み」(The Statutory Framework of the World Network of Biosphere Reserves) によれば、生物圏保護区は、人間と生物圏との相互間の均衡が取れた関係を明示すると同時に進展させるために創設された。生物圏保護区は複数の生態系を含んでいる必要があり、したがって地上・沿岸部・海洋の生態系の組み合せから構成されると、この枠組みの第4条に規定されている。生物圏保護区が設定されると、そこでの生態系や生物多様性を保持することが求められる。
保護区の設定は、法的に保護される中核地域 (core area)、保護の妨げになる活動が禁じられている緩衝地域 (buffer area)、許可を得た活動は認められる移行地域 (transition zone) の3層に分かれている。この地域区分けは、地元の利益となるように自然資源の持続可能な使用を行う観点から導入されたものである。また、保護区内の活動には、それを支えるような適切な調査やモニタリング、教育、訓練などが要請されている。
以上は、アジェンダ21や生物の多様性に関する条約などの国際的合意を履行していくための手段である。
具体的な登録要件は以下のとおり。
世界遺産に登録されているものや、それ以外で有名なもの